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单细胞测序有风险!小测帮你把把关

作者:小泰 更新时间:2024-06-11 点击数:

单细胞测序有风险!小测帮你把把关

一年一端午,一岁一安康!端午安康~~

大家端午节过的怎么样?有没有自己包粽子?有没有吃龙虾?反正小编过的还不错,包粽子,捉龙虾,吃烧烤......目测三天长两斤肉,嘿嘿~~

收心回笼,开始上班,又是斗志满满的一天!近期公司的单细胞业务激增,汇总到小编这的项目小测数据让小编看的眼花缭乱,还好这些小测数据质量上乘,不用过多解读,只需做个安逸的转送官,静待老师回复:很好,加测!

这再次证明开泰单细胞技术过硬,不辜负每一份样本!欢迎各位老师砸单,开启咱们愉快的合作之旅~~

单细胞项目小测数据一览


两例PBMC


两例关节组织


两例外周血全血


两例胰腺组织


单细胞小测数据怎么看?


拿到小测数据CellRanger结果怎么评判好不好呢?最直接了当的方式就看捕获细胞数(Estimated Number of Cells)和细胞基因检出数(Median Genes per Cell)有没有达到预期,其他均可以不考虑。当然有些老师看的细,也会看一些其他指标,另外,当小测数据显示捕获细胞数、基因检出数异常时,我们也需要结合其他指标来分析原因,找出解决方案。一起来看几个关键指标:

Estimated Number of Cells:样本测到的细胞数。该指标和实验上机的细胞数量和细胞质量有直接关系。小测数据中这个值具有较高的参考价值,如果该值偏低,后续加测会有一定提升,但提升效果有限,此时就要考虑是否继续推进。

Mean Reads per Cell:每个细胞测到的平均reads。小测数据中可据此推断加测对数据的提升。

Median Genes per Cell:每个细胞检测到的基因中位数。在合理范围内,值越大越有利于细胞分群,但该值与样本包含的细胞类型相关性较高。小测数据中该值具有较高参考价值:值偏低,后续加测会有一定提升,但提升效果有限,此时就要考虑是否继续推进。

Number of Reads:样本测到的reads总数,即测序数据量。

Valid Barcodes:带有正确10X Barcode的数据比例,每个Bracode对应到每个细胞。

Valid UMIs:UMI校正后匹配的UMI比例。

Sequencing Saturation:测序饱和度。这个指标非常重要,如果捕获的细胞数较多,但是每个细胞里面的平均reads数少,那么饱和度就较低,反之饱和度较高。测序饱和度越高,再增加测序量的意义就越小。测到100G数据,该指标值一般为60-80%左右,20G小测数据中测序饱和度较低,表明增加测序量对数据质量会有较大提升。


单细胞项目小测有没有必要?


前些天给一个老师做单细胞宣讲,沟通到项目流程时,老师疑惑为什么要进行小测?之前沟通的公司都没有小测这一步。这也引起了小编的好奇,认真思考了一阵,单细胞项目小测有没有必要?首先来解释一下什么是数据小测。我们知道,单细胞项目一般推荐测序数据量是100G,判定细胞悬液合格就可以直接上机捕获细胞,进行后续文库构建及上机测序,测序的数据量可以一步到位,测100G;也可以先测20-30G,数据下机后跑CellRanger,评估一下细胞捕获数、基因检出数是否落在正常范围内,这个过程就叫小测。小测评估数据质量合格,加测到100G;小测评估数据质量较差,比如捕获细胞较少、检出基因较少等,这时就需要复盘核查,沟通终止,及时止损。

单细胞项目增加小测环节需要额外增加一周左右的项目周期,增加实验、分析人员工作量及一定的沟通成本,但可以及时规避风险,节省人力、物力及老师不必要的等待时间。仁者见仁,智者见智。有小测也好,无小测也罢,都是各家服务商的经营之道。就小编个人而言:单细胞测序有风险,需要小测把把关!同样,开泰也始终坚持,客户利益至上,增加小测环节,及时反馈评估结果,出现问题就解决,竭尽全力给客户提供最上乘的单细胞数据,保证下游分析!


产品优势


开泰生物长期专注于高通量单细胞多组学的技术研发与服务,单细胞悬液制备经验丰富,可根据物种及组织部位提供定制化解决方案,稳定高效的完成大多数组织样本的单细胞解离,保证单细胞数据产出,结合成熟的生信分析,流畅的沟通平台,为单细胞科研保驾护航!


解离经验


开泰依靠强大的实验研发团队,成功解离了上百例组织样品,拥有丰富的单细胞解离经验,在最难的植物单细胞原生质体制备方面,也小有建树。

下面是我们的单细胞(核)悬液质检图,每一幅质检图都是我们骄傲的足迹。

欢迎各位老师垂询,每位老师都有机会获得样本的免费解离测试机会哦~


全链条产品搭配,一站式科研服务


开泰生物丰富的产品搭配,强大的联合分析,随心所欲的个性化分析,竭尽全力为您的科研保驾护航!


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